1998 metais Valdas Adamkus buvo išrinktas Lietuvos Respublikos Prezidentu. Šias pareigas pradėjo eiti 1998 metų vasario 26 dieną. Respublikos Prezidentas Valdas Adamkus iškėlė spartaus šalies modernizavimo idėją ir nuosekliai rėmė jos įgyvendinimą.

2002 metais Valdas Adamkus iškėlė savo kandidatūrą antrai Prezidento kadencijai, tačiau antrajame rinkimų ture pralaimėjo Rolandui Paksui. Baigęs kadenciją, Valdas Adamkus išliko aktyvus vidaus ir užsienio politikos dalyvis, skaitė paskaitas tarptautinėse konferencijose.

2004 metais Lietuvos Respublikos Seimui Rolandą Paksą pašalinus iš Prezidento pareigų, Valdas Adamkus dar kartą iškėlė kandidatūrą rinkimuose į Prezidento postą.

2004 m. birželio 27 d. Lietuvos piliečiai Valdą Adamkų antrą kartą išrinko Respublikos Prezidentu penkerių metų kadencijai. Jai pasibaigus, V. Adamkus aktyviai dalyvauja šalies vidaus gyvenime. Jis nuolat dalyvauja įvairiuose viešuose renginiuose, skaito tarptautines paskaitas, yra Vytauto Didžiojo universiteto Tarybos pirmininkas.